流動相配制完畢后一定要通過溶劑過濾器（0.45或0.22µm）過濾水中的顆粒，這些顆粒很可能會造成色譜柱不可恢復的損害，使色譜柱壓力增高，柱效降低。流動相由于濃度較稀，長時間放置容易滋生菌類，因此流動相的壽命不應該超過7天，如色譜柱和抑制器允許，可以在流動相中添加適量有機溶解(如5%丙酮)，可以抑制菌類的生長。新流動相更替舊流動相時，應該先將色譜柱前的管路沖洗干凈后再連接色譜柱。

從淋洗強度來看，對于常規(guī)陰離子，碳酸納的能力遠遠強于碳酸氫鈉和氫氧化鈉，而氫氧化鈉的能力略弱于氫氧化鈉，使用碳酸鈉/碳酸氫鈉緩沖體系可以兼顧到強弱關系，一般不使用梯度就可以完成較好的洗脫，基線平整；而氫氧化物由于只能采用濃度的方式，梯度洗脫是其常用的方法，基線有可能漂移，但氫氧化物抑制后產物為水，背景電導比碳酸鹽系統(tǒng)的背景（碳酸）要低很多，這樣噪音相對小一些，碳酸鹽系統(tǒng)增加二氧化碳抑制裝置可以達到同樣的基線背景。
對于某些分析，流動相中加入適量的有機溶劑可以達到一定的效果。如樣品含有機物較多，流動相中添加乙腈或丙酮可以減少有機雜質在色譜柱上的保留，從而延長色譜柱的使用壽命。而某些離子在添加有機溶劑后保留時間有很大的變化，這樣可以將原本無機鹽體系無法分析的離子加以分離。
通用（深圳）儀器有限公司是一家提供液相色譜、離子色譜儀、原子熒光光譜儀、血藥濃度分析儀，液相色譜的相關單元部件的儀器公司。