使用儀器分析樣品時，大都需要對樣品進行處理，以使樣品達到可以用儀器分析的狀態(tài)。離子色譜儀主要是分析以水為溶劑的樣品中的陰陽離子。離子色譜儀內部各零部件的連接都是采用直徑非常小的管路相連，因此，不溶于水的固體顆粒非常容易堵塞管路。對于含有不溶物的樣品，必須用0.22或0.45微米的濾膜過濾樣品，除去顆粒物的雜質，對于含有顏色污水的樣品，里面是有很多有機物的，如果直接進樣的話，這些有機物會殘留在色譜柱當中對色譜柱造成嚴重的污染，導致色譜柱性能快速下降，嚴重影響使用壽命，因此，需要將過濾后的水樣過白色的C18預處理小柱以去除有機物，用H柱或Na柱處理除去重金屬陽離子，或用其他方法處理。樣品前處理沒有固定方法，應根據(jù)樣品實際情況采取相應的處理方法。一個分析實驗的最重要的部分往往是對于樣品的處理，所以實驗員應更多的去學習樣品的處理方法。

在使用預處理柱前，需按以下步驟對其進行活化后方可處理樣品： 
（1）用5 mL 甲醇活化固相萃取小柱，推動速度每分鐘不超過 3 mL；
（2） 用 10 mL 去離子水沖洗小柱，推動速度每分鐘不超過 3 mL；
（3）將小柱平放 20 分鐘；
（4）將 5 mL 樣品緩慢推入小柱，推動速度每分鐘不超過 3 mL，棄去前 3 mL；收集2 mL樣品，稀釋進樣或直接進樣。預處理柱可反復使用，每次使用前按照上述步驟1－3重新活化即可。如重新活化后，柱填料顏色不褪去，則應改換小柱。