1、在高效液相色譜儀中，使用多種溶劑作為流動(dòng)相，當(dāng)進(jìn)行分析時(shí)所需成本高于氣相色譜儀。且易引起環(huán)境污染、當(dāng)進(jìn)行梯度洗脫操作時(shí)，它比氣相色譜儀的程序升溫操作復(fù)雜。

2、高效液相色譜儀中缺少如氣相色譜儀中使用的通用型檢測(cè)器（如熱導(dǎo)檢測(cè)器和氫火焰離子化檢測(cè)器）。近年來蒸發(fā)激光散射檢測(cè)器的應(yīng)用日益增多，有望發(fā)展成為高效液相色譜儀的一種通用型檢測(cè)器。

3、高效液相色譜儀不能替代氣相色譜儀，去完成要求柱效高達(dá) 10 萬塊理論塔板數(shù)以上，必需用毛細(xì)管氣相色譜儀分析組成復(fù)雜的具有多種沸程的石油產(chǎn)品。

4、高效液相色譜儀也不能代替中、低壓柱色譜法，在 200kPa 至 1MPa 柱壓下去分析受壓易分解、變性的具有生物活性的生化樣品。